L'Église Chérubin et Séraphin affirme deux ordonnances majeures : le baptême et l'Eucharistie (la Sainte Communion). Ces ordonnances sont importantes et doivent être observées par les croyants fidèles ; elles ne sont pas simplement des symboles vides. Cependant, leur efficacité ne réside pas dans l'acte rituel en soi, mais dans la foi du croyant et dans l'opération concomitante du Saint-Esprit.

Le baptême par immersion symbolise la mort et la résurrection du croyant avec Christ. Elle marque l'entrée visibile du converti dans l'Église et sous la protection spirituelle de Dieu. Certaines branches comprennent le baptême comme un moyen par lequel la grâce est canalisée et appliquée au croyant. La Sainte Communion commémore la mort du Christ et procure une communion réelle (bien que spirituelle, non matérielle) avec le Christ et avec les autres croyants.

L'Église C&S n'enseigne pas une transsubstantiation ou une présence corporelle du Christ. Les éléments restent pain et vin, mais they participent à la présence spirituelle du Christ et à la réalité de son sacrifice. L'administration des ordonnances est liée au rôle pastoral, mais l'efficacité de l'ordonnance dépend ultimement de la foi du croyant et de la puissance de l'Esprit, non du statut du ministre.