L'Église assyrienne de l'Orient confère l'autorité suprême au patriarche en tant que successeur des apôtres et dépositaire de la tradition apostolique. Le patriarche siège à titre d'évêque primaire et de chef visible de l'Église, responsable de la garde et de la transmission de la foi apostolique. La succession apostolique est maintenue à travers l'imposition des mains, reliant chaque évêque à la chaîne ininterrompue des apôtres.

L'Église est gouvernée selon une structure épiscopale, avec des évêques ordonnés successeurs des apôtres qui paissent les fidèles locaux et veillent à la pureté de la doctrine. Les conciles de l'Église — qu'ils soient locaux ou pan-ecclésiastiques — jouent un rôle important dans la définition et la clarification de la doctrine. La tradition de l'Église, émanant des Pères, de la liturgie et de la pratique ininterrompue, est un guide pour la compréhension et l'interprétation de l'Écriture. L'Église rejette le papisme romain (l'infaillibilité du pape ou l'autorité papale universelle) mais affirme l'autorité honoraire du patriarche comme premier parmi ses pairs (primus inter pares) dans les relations œcuméniques.