L'Église évangélique vaudoise affirme le canon biblique protestant de soixante-six livres comme l'Écriture sainte et inspirée. L'Ancien Testament et le Nouveau Testament contiennent la révélation de Dieu et forment la base de toute doctrine ecclésiale.

Les livres deutérocanoniques ne sont pas reconnus comme faisant partie du canon et ne reçoivent pas l'autorité doctrinale, bien qu'ils soient appréciés comme sources historiques et spirituelles utiles.