Swedenborg rejette la doctrine d'une seconde venue littérale et apocalyptique du Seigneur Jésus-Christ. Au lieu de cela, il enseigne que le Seigneur est venu de manière spirituelle, intérieure, une « seconde venue » spirituelle, marquée par l'illumination progressive des esprits humains et la fondation de la « Nouvelle Jérusalem ».

La seconde venue spirituelle du Seigneur s'est effectuée à travers le ministère prophétique de Swedenborg lui-même, qui déclare avoir reçu des visions directes du monde spirituel et des enseignements du Seigneur. Par ces enseignements, le Seigneur établit une nouvelle Église, la Nouvelle Église ou l'Église du Nouveau Jérusalem, fondée sur une compréhension spirituelle plus complète de la Divinité et du salut.

Cette seconde venue n'est pas un retour apocalyptique qui détruira le monde matériel. C'est plutôt une opération spirituelle où le Seigneur illumine les cœurs et établit une nouvelle compréhension de sa Divineté unique et de son amour pour l'humanité. Les fidèles de la Nouvelle Église participent à ce processus continu d'illumination spirituelle et de transformation.