L'Église Swedenborguienne reconnaît deux sacrements : le Baptême et la Sainte Cène (l'Eucharistie). Ces sacraments ne sont pas des moyens magiques de grâce, mais des signes et des sceaux de l'engagement spirituel et de la régénération intérieure.

Le Baptême symbolise la régénération de l'âme : le lavage de l'eau représente le nettoyage des affections égoïstes et la régénération en amour divin. Le Baptême des enfants est pratiqué, symbolisant l'initiation dans la foi et la responsabilité des parents d'éduquer l'enfant dans la vie spirituelle.

La Sainte Cène ou Eucharistie représente l'union de l'âme fidèle avec le Seigneur Jésus-Christ. C'est une commémoração et une actualisation de la présence du Seigneur. Swedenborg rejette les théories de la transsubstantiation ou d'une présence physique du corps du Christ, enseignant que l'Eucharistie est une présence spirituelle réelle du Seigneur avec le fidèle qui reçoit avec une intention sincère. L'Eucharistie nourrit l'âme spirituellement, renouvelant l'alliance entre le croyant et le Seigneur.