La Science chrétienne rejette les sacrements traditionnels tels que le baptême par l'eau et l'Eucharistie. Au lieu de cela, elle les remplace par des pratiques spirituelles. Le baptême est réinterprété comme l'illumination spirituelle et la purification de la conscience par la Vérité divine.

De même, la Cène du Seigneur dans la Science chrétienne est une célébration annuelle symbolique de la communion avec le Principe divin, effectuée sans pain ni vin physiques. Mary Baker Eddy a enseigné que les véritables sacrements sont spirituels—la transformation de la conscience par la compréhension de la Vérité. Les rituels externes sont remplacés par une expérience interne d'illumination.