Les Baptistes réformés affirment la doctrine classique de la Trinité telle qu'elle a été formulée dans la Confession de Londres de 1689, Chapitre 2. Dieu est un en essence mais subsiste en trois personnes éternelles — Père, Fils et Saint-Esprit — chacun complètement divin, également digne d'adoration et possédant les mêmes attributs divins. La doctrine se situe fermement dans la tradition œcuménique nicéenne et post-nicéenne, héritée par les normes confessionnelles réformées.

Les trois personnes sont distinctes dans leurs propriétés et relations personnelles : le Père est non-engendré, le Fils est engendré du Père et l'Esprit procède du Père et du Fils. Cette procession de l'Esprit (la clause du filioque) est affirmée dans la théologie baptiste réformée, cohérente avec la tradition réformée occidentale. Malgré les distinctions réelles entre les personnes, la Trinité maintient le monothéisme strict et l'unité divine absolue en puissance, volonté et conseil éternel.

La Confession de 1689 rejette explicitement le subordinatianisme, l'arianisme et le modalisme. La Trinité est considérée comme fondamentale à la foi chrétienne et intégrale à la sotériologie baptiste réformée, car l'œuvre de création, de rédemption et de sanctification est attribuée à l'action unifiée des trois personnes selon leurs propriétés personnelles.