La théologie presbytérienne affirme la pleine divinité et la personnalité du Saint-Esprit, procédant éternellement du Père et du Fils (Filioque). L'œuvre primaire de l'Esprit dans le système de Westminster est l'application efficace de la rédemption du Christ aux élus : la régénération (créant une nouvelle vie spirituelle), l'illumination (permettant à l'Écriture d'être reçue comme la Parole de Dieu), le scellement (assurant le croyant de son élection) et la sanctification progressive. La Confession de Westminster (Chapitre XIII) enseigne que la sanctification est une transformation réelle mais imparfaite en cette vie, complétée seulement dans la glorification.

Les Normes de Westminster traitent l'œuvre de l'Esprit comme souveraine et irrésistible dans les élus : l'appel efficace est une œuvre de l'Esprit « illuminant leur esprit spirituellement et d'une manière salutaire pour comprendre les choses de Dieu... ôtant leur cœur de pierre, et leur donnant un cœur de chair » (Confession de Westminster X.1). Le Saint-Esprit œuvre aussi comme l'agent de l'inspiration de l'Écriture. La théologie presbytérienne a été prédominante quant au cessationnisme concernant les dons apostoliques extraordinaires, bien que certains théologiens réformés et presbytériens contemporains aient révisité cette position.