La PCA affirme que le Saint-Esprit est la troisième personne de la Trinité, coégal au Père et au Fils, vraiment Dieu en nature et pouvoir. Le Saint-Esprit est personnellement actif dans la création (Genèse 1:2), l'inspiration de l'Écriture (2 Timothée 3:16), l'incarnation du Christ (Luc 1:35), et la rédemption des croyants.

Dans la vie du chrétien, le Saint-Esprit régénère (donne une nouvelle vie), sanctifie (purifie et transforme), et produit les fruits de l'esprit. La PCA rejette l'enthousiasme charismatique (les expériences émotionnelles ou les phénomènes surnaturels comme signe de la présence du Saint-Esprit). Plutôt, l'œuvre du Saint-Esprit est normalement accomplie par la Parole de Dieu et au moyen des sacrements. La PCA affirme que les miracles et les dons spéciaux de l'Esprit (prophétie, langues) ont cessé avec l'accomplissement de la révélation biblique (Hé breux 1:1-2).