Les églises évangéliques non-dénominales présentent un spectre de positions eschatologiques sur le millénium — le règne de mille ans de Jésus-Christ mentionné en Apocalypse 20:1-6. Le prémillénialisme (affirmant un règne millénaire littéral à venir du Christ) est le point de vue le plus courant parmi les églises non-dénominales évangéliques, particulièrement parmi les églises pentecôtistes et charismatiques.

Cependant, l'amillénialisme (interprétant le millénium de manière symbolique) est également présent dans les églises non-dénominales plus réformées ou issues de contextes protestants classiques. Le postmillénialisme (l'idée qu'une ère d'or précède le retour de Christ) est moins courant. Parce que les églises non-dénominales ne sont pas gouvernées par un corps doctrinal central, il n'existe pas de position « officielle », et les diverses perspectives coexistent sans divisé le mouvement.