Les églises évangéliques non-dénominales affirment que l'Esprit Saint est la troisième personne de la Trinité, coégal et coéternel avec le Père et le Fils. L'Esprit Saint habite les croyants, les convainc de péché, applique l'œuvre du Christ et produit le fruit de l'Esprit. Cependant, les églises non-dénominales présentent une grande diversité dans leur compréhension des dons de l'Esprit.

Un spectre va du cessationnisme (les dons du miracle et de la prophétie ont cessé avec l'ère apostolique) au continuationnisme (les dons charismatiques continuent aujourd'hui). Certaines églises non-dénominales s'alignent avec les églises de Dieu en Christ ou les églises pentecôtistes dans l'affirmation des paroles de connaissance, prophétie et guérison miraculeuse. D'autres demeurent sceptiques quant à ces manifestations. Cette diversité reflète l'origine non-confessionnelle du mouvement non-dénominationnel.