L'Église néo-apostolique affirme l'immortalité de l'âme et la résurrection corporelle à la fin des temps. L'âme humaine ne meurt pas avec le corps mais persiste dans l'état intermédiaire, dans l'attente de la résurrection finale.

La résurrection du corps est affirmer comme un article de foi central. Les croyants ressusciteront avec leurs corps glorifiés et entreront dans la vie éternelle en présence de Dieu. Cette vision combine une eschatologie individuelle (judgment et destinée personnelle immédiatement après la mort) avec une eschatologie cosmique (résurrection générale et jugement dernier).

Cette doctrine place l'Église néo-apostolique en ligne avec la tradition chrétienne classique concernant l'eschatologie personnelle et l'immortalité de l'âme.