L'Église néo-apostolique n'enseigne pas un règne littéral de mille ans du Christ comme le font les pentecôtistes ou les fondamentalistes. La doctrine du millénium n'est pas un élément central de la théologie néo-apostolique.

Au lieu de cela, l'Église se concentre sur l'eschatologie final: le retour du Christ, le jugement dernier, et l'établissement de l'état éternel. L'Église ne développe pas une théologie détaillée des événements intermédiaires entre le retour du Christ et l'état éternel.

Cette approche place l'Église néo-apostolique en dehors du débat prémillénaire/amillénaire qui divise beaucoup d'églises protestantes.