L'Église néo-apostolique affirme que le Saint-Esprit est un membre entièrement personnel et divin de la Divinité. Cependant, l'Église a une doctrine distinctive concernant la façon dont le Saint-Esprit est reçu et administré.

Le Saint-Esprit est donné aux croyants par le moyen du Saint-Sceau, un sacrement administré exclusivement par un Apôtre vivant de l'Église néo-apostolique. Ce Sceau n'est pas conféré automatiquement par la foi ou le baptême seul, mais nécessite l'imposition des mains d'un Apôtre.

Cette position distingue l'Église néo-apostolique des églises pentecôtistes et charismatiques, qui considèrent le Saint-Esprit comme conféré spontanément par Dieu en réponse à la foi des croyants. Pour l'Église néo-apostolique, le Saint-Esprit vient à travers un canal sacramentel contrôlé.