L'Église néo-apostolique maintient un ministère ordonné hiérarchique distinct et structuré. À la tête se trouvent les Apôtres vivants, qui sont considérés comme les successeurs directs des apôtres du Nouveau Testament avec l'autorité complète de gouverner l'Église.

Sous les Apôtres se trouvent les évêques, les prêtres, et les diacres, chacun avec des fonctions et des responsabilités spécifiques. Cette hiérarchie est considérée comme divinement établie et essentielle à l'ordre et à l'autorité de l'Église.

Le système des Apôtres vivants distingue clairement l'Église néo-apostolique du protestantisme traditionnel (qui rejette la continuation de l'apostolat) et l'aligne plus étroitement avec des traditions ecclésiales hiérarchiques.