Les Mennonites affirment le Saint-Esprit comme la troisième personne de la Trinité, actif dans la vie de l'église et du croyant individuel. L'Esprit convainc, régénère, sanctifie et donne du pouvoir aux croyants pour le témoignage et le service. L'Esprit guide aussi la communauté dans le discernement de la volonté de Dieu par l'Écriture, la prière et la prise de décision collective.

Les Mennonites ne sont ni pentecôtistes ni cessationnistes au sens strict. La direction continue de l'Esprit est affirmée, mais les manifestations charismatiques dramatiques n'ont généralement pas été une caractéristique majeure de la spiritualité mennonite dominante. L'œuvre de l'Esprit est associée à la transformation du caractère vers l'image du Christ et l'autonomisation du témoignage pacifique.