Les Mennonites affirment une structure ecclésiale congrégationaliste fondée sur le discernement collectif plutôt que sur une hiérarchie centralisée. L'assemblée locale des croyants est la locus de l'autorité ecclésiale, guidée par le Saint-Esprit et l'Écriture. Les pasteurs et les anciens exercent un leadership serviteur au sein de la communauté, mais les décisions importantes sont prises par l'assemblée entière.

Cette démocratie ecclésiale reflète la conviction mennonite dans la dignité et la responsabilité de chaque croyant. Nul n'est investitu d'une autorité absolue ; tous les saints partagent le sacerdoce. Le processus mennonite de discernement communal est caractérisé par la prière, l'écoute mutuelle, et la recherche du consensus. Cette approche décentrée contredit à la fois la hiérarchie catholique et l'autoritarisme charismatique.