Le WELS affirme que le Saint-Esprit est vrai Dieu, la troisième personne de la Trinité, coéqual et coéternel avec le Père et le Fils. L'Esprit procède éternellement du Père et du Fils (Filioque). Il n'est pas une force impersonnelle ou l'influence de Dieu mais une personne distincte possédant la conscience, la volonté et les attributs divins.

Le rôle du Saint-Esprit dans le salut est central. C'est par l'Esprit que Dieu appelle les pécheurs à la foi en Christ, en utilisant l'Évangile comme moyen de grâce. L'Esprit régénère le cœur, impartissant une nature nouvelle et créant la foi salvifique. L'Esprit habite le croyant, le sanctifie et le fortifie en vue de la persévérance finale. Le WELS affirme que l'Esprit agit souverainement dans la conversion, mais nie le fatalisme ; la volonté humaine répond au appel de l'Esprit sans contrainte.

Le Saint-Esprit œuvre aussi dans l'Église, donnant des dons spirituels aux croyants pour le bien commun. Le WELS affirme que le Saint-Esprit continue à guider l'Église en doctrine et en pratique par la Parole de Dieu. Les fruits du Saint-Esprit — amour, joie, paix, patience, bonté, bienveillance, fidélité, douceur et tempérance — sont les marques du vrai croyant.