Les Baptistes du libre arbitre affirment le Saint-Esprit comme la troisième personne de la Trinité, pleinement divin et coégal avec le Père et le Fils. L'œuvre du Saint-Esprit dans le salut et la sanctification est centrale à la théologie des Baptistes du libre arbitre. L'Esprit convainc de péché, rend possible la foi par la grâce prévenante, régénère le croyant, habite le croyant comme sceau et garantie du salut (tant que la foi est maintenue), et sanctifie le croyant par l'œuvre de la grâce.

La tradition des Baptistes du libre arbitre, influencée par Wesley et la théologie méthodiste, met l'accent sur l'œuvre de sanctification du Saint-Esprit. L'Esprit habilite les croyants à croître en grâce, surmonter le péché et vivre des vies saintes. La doctrine distinctive des Baptistes du libre arbitre de la sanctification entière — l'œuvre du Saint-Esprit qui purifie du péché inné — reflète cet accent. L'Esprit distribue aussi des dons aux croyants pour le ministère et le service dans l'Église et le monde.

Les Baptistes du libre arbitre sont généralement prudents face aux prétentions charismatiques concernant les dons miraculeux, y compris le parler en langues et la guérison, bien qu'ils ne soient pas uniformément cessationnistes. La position dominante est que l'œuvre primaire de l'Esprit est la sanctification et la transformation, testées contre l'Écriture. L'Esprit parle par la Parole de Dieu et illumine l'Écriture au cœur du croyant, permettant la compréhension et l'obéissance.