Les Églises indépendantes fondamentalistes affirment que le salut est entièrement par la grâce de Dieu, reçue par la foi seule en Jésus-Christ. La justification est un acte juridique de Dieu déclarant le pécheur juste par la justice du Christ imputée. Aucune œuvre humaine, aucun mérite personnel ne peut contribuer au salut. « Par grâce vous avez été sauvés, par le moyen de la foi, et cela ne vient pas de vous — c'est un don de Dieu ; cela ne vient pas des œuvres » (Éphésiens 2:8-9).

Le fondamentalisme met l'accent avec force sur la sécurité éternelle : une fois qu'une personne a cru en Christ et reçu le salut, elle ne peut jamais perdre ce salut. Cette doctrine de l'éternité de la vie est fondamentale au fondamentalisme. Le salut n'est pas conditionnel, réversible, ou dépendant de la performance ultérieure du croyant. La promesse du Christ : « Mes brebis écoutent ma voix ; je les connais, et elles me suivent ; je leur donne la vie éternelle, et elles ne périront jamais » (Jean 10:27-28) assure que le salut est irrévocable.

Bien que certains fondamentalistes sont calvinistes sur la prédestination et d'autres sont arminiens, tous affirment la sécurité éternelle une fois sauvés. Cette certitude du salut encourage la sanctification et la vie transformée. La foi salvifique n'est pas un engagement moral vague mais une acceptation consciente et volontaire du Christ comme Sauveur du péché.