Les Églises indépendantes fondamentalistes affirment ce qui est parfois appelé « l'éternité du salut » ou la « sécurité éternelle » — que le croyant, une fois sauvé, ne peut jamais perdre le salut. Cette doctrine est affirmée par pratiquement tous les fondamentalistes comme non-négociable. Cependant, les questions de comment la prédestination divine et l'élection opèrent en relation avec la responsabilité humaine libre demeurent une matière de débat.

Bien que le fondamentalisme soit généralement d'origine calviniste, il ne impose pas une théologie calviniste stricte de double prédestination sur tous ses membres. Certains fondamentalistes sont des calvinistes classiques qui croient que Dieu a prédestiné tous les événements ; d'autres sont des arminiens qui soulignent la liberté humaine et la responsabilité. Ce qui unit tous les fondamentalistes est l'affirmation que Dieu est souverain, que le salut est un don gratuit de la grâce de Dieu, et que la sécurité éternelle du croyant est assurée.

Le fondamentalisme affirme également le prémillénarisme dispensationaliste — l'idée que l'histoire se divise en dispensations (périodes de gestion divine), qu'Israël et l'Église sont distincts dans le plan de Dieu, et que le Christ reviendra littéralement et visiblement. Cette eschatologie dispensationaliste est caractéristique du fondamentalisme américain. La prophétie de l'Ancien Testament concernant Israël, dans cette vue, sera accomplie littéralement dans un règne millénaire futur.