L'Iglesia ni Cristo affirme le canon biblique protestant de 66 livres et n'inclut pas les livres deutérocanoniques (Tobit, Sagesse, Siracide, Maccabées, Baruch, etc.) comme Écriture. Ces livres peuvent être lus pour la valeur historique ou dévotionnelle mais ne font pas autorité pour la doctrine. Le canon de l'Église est la Bible hébraïque (39 livres) plus les 27 livres du Nouveau Testament.

Cette position reflète l'engagement de l'Iglesia ni Cristo envers le canon apostolique et son rejet des ajouts ecclésiastiques ultérieurs. Les livres apocryphes, bien que ayant une certaine valeur historique, manquent du témoignage apostolique et du statut canonique du canon de 66 livres.