Les Baptistes du libre arbitre, rejoignant la tradition protestante, n'incluent pas les livres deutérocanoniques (Tobit, Judith, Sagesse de Salomon, L'Ecclésiastique, Baruch, Épître de Jérémie, 1 Maccabées, 2 Maccabées) dans leur canon biblique. Ces livres, présents dans la Septante grecque et reconnus comme canoniques par l'Église catholique romaine et les Églises orthodoxes orientales, ne se trouvent pas dans l'Hébreu original du corpus biblique.

Les Baptistes du libre arbitre considèrent que ces livres sont utiles pour l'édification historique et spirituelle, mais ne sont pas normatifs pour la doctrine et la pratique chrétienne. Leur absence de l'original hébreu, leur manque de prétention prophétique dans le texte lui-même, et leur usage limité dans l'Église primitive justifient leur exclusion du canon.

Cette position reflète le patrimoine protestant des Baptistes du libre arbitre et leur engagement envers la doctrine sola scriptura, où l'autorité biblique est confinée aux 66 livres du canon protestan (39 Ancien Testament et 27 Nouveau Testament). Les Baptistes du libre arbitre respectent les traditions catholique et orthodoxe, mais maintiennent que le canon protestan reflète mieux la reconnaissance apostolique et primitive de l'Écriture.