L'EFCA affirme le principe protestant du sacerdoce de tous les croyants — l'idée que chaque croyant a un accès direct à Dieu par le Christ et possède une responsabilité pour le ministère. Cependant, l'EFCA reconnaît aussi que Dieu appelle certains individus à des rôles de leadership et d'enseignement spécifiques dans l'église.

L'EFCA reconnaît deux ordres de ministère : les pasteurs ordonnés et les anciens. Les pasteurs sont ordonnés à la prédication et à l'enseignement, tandis que les anciens (ou diacres) sont appelés à des rôles de leadership de soutien et de service pastoral. L'EFCA exige que les pasteurs soient dotés de qualifications bibliques — intégrité morale, compétence pastorale, don pour l'enseignement, et engagement envers la Déclaration de foi de l'EFCA.

Relativement à la participation des femmes au ministère ordonné, l'EFCA a évolué au fil du temps. Traditionnellement, l'EFCA limitait l'ordination aux hommes. Cependant, en réponse à une meilleure compréhension biblique et aux changements dans la reconnaissance sociétale du rôle des femmes, certaines églises et régions de l'EFCA ont commencé à ordonner des femmes pasteurs et diacres. Cette question reste un point de débat et de diversité au sein de la dénomination, avec certaines régions conservant une position d'ordination exclusivement masculine et d'autres étant inclusives.