L'EAE occupe une position unique et définitrice sur la prédestination : elle affirme que c'est une question non-essentielle sur laquelle les membres peuvent différer en conscience sans que cela n'affecte l'unité ou l'orthodoxie de la dénomination. Contrairement à d'autres dénominations qui imposent une position claire sur la prédestination (comme le calvinisme classique ou l'arminianisme), l'EAE permet une diversité théologique.

Bien que la doctrine de la prédestination soit bibliquement fondée — Dieu connaît et ordonne toutes les choses selon sa sagesse éternelle — les questions de comment la prédestination divine opère en relation avec la volonté humaine libre et la responsabilité humaine restent matière à débat théologique. L'EAE reconnaît que les meilleurs théologiens et les plus pieux croyants ont différé sur ces questions et que cette différence ne doit pas diviser le corps du Christ.

Cette position reflète la devise de l'EAE : « dans les essentiels l'unité, dans les non-essentiels la liberté, en toutes choses la charité ». Les essentiels sont l'affirmation de la souveraineté de Dieu, de la responsabilité humaine, et de l'efficacité de la rédemption du Christ. Les membres calvinistes qui soulignent la souveraineté absolue de Dieu et les membres arminiens qui soulignent la liberté humaine et la réaction à la grâce coexistent dans l'EAE, unis dans la foi en Christ et la vie évangélique, sinon dans chaque détail théologique.