L'EAE affirme le Saint-Esprit comme la troisième personne de la Trinité, entièrement divin et coemant. Le Saint-Esprit est actif dans l'Église et dans la vie des croyants, convainquant du péché, régénérant le cœur humain et sanctifiant les chrétiens. Le Saint-Esprit ordonne les choses de l'Église, distribue les dons spirituels, et guide l'Église dans la compréhension de la Parole et la mission.

L'EAE a un héritage piétiste qui souligne l'expérience personnelle du Saint-Esprit et son rôle dans la guidage spirituelle quotidienne. Bien que restant évangélique dans sa théologie générale, l'EAE maintient une ouverture envers l'œuvre actuelle de l'Esprit dans la conviction, la guidance personnelle et l'illumination. Il ne prescrit pas une position unique sur les dons spirituels controverses — certains membres affirment les dons charismatiques modernes tandis que d'autres les nient.

L'unité du Saint-Esprit est fortement soulignée ; malgré la diversité des dons, il y a un seul Esprit qui distribue les dons selon sa volonté. Le fruit de l'Esprit — amour, joie, paix, patience, bonté, bienveillance, fidélité, douceur, maîtrise de soi — est l'évidence de la transformation spirituelle. L'EAE appelle tous les croyants à être remplis du Saint-Esprit et à être sensibles à sa guidage dans la vie de foi, la prière et le ministère.