L'EAE affirme que 1 Jean 5:7-8 — « Car il y a trois qui témoignent : l'Esprit, l'eau et le sang ; et ces trois sont d'accord » — et la clause « au ciel : le Père, la Parole et l'Esprit Saint : et ces trois sont un au ciel » (la Comma Johanneum ou « virgule johannique ») exprime une vérité trinitaire profonde. Cependant, l'EAE reconnaît que cette expansion du texte (l'affirmation trinitaire) n'apparaît dans aucun manuscrit grec avant le seizième siècle.

Bien que la Comma Johanneum soit absente de tous les manuscrits grecs antiques et ne s'est trouvée que dans la Vulgate latine et quelques copies ultérieures, son contenu — l'affirmation que le Père, le Logos (Parole), et le Saint-Esprit témoignent de la divinité du Christ et sont inséparablement unis — est totalement compatible avec et soutenu par le reste du Nouveau Testament et par la confession trinitaire de l'Église primitive.

L'EAE reconnaît que la critique textuelle a établi que ce passage a été intercalé ultérieurement et ne provient pas du texte autographe de 1 Jean. Cependant, la vérité théologique que la Comma affirme — l'unité trinitaire et la divinité du Christ — est clairement établie par d'autres passages bibliques non contestés. L'EAE peut affirmer la doctrine de la Trinité sans être dépendante de ce seul passage textuel problématique. L'authenticitité du contenu théologique n'est pas compromise par l'authenticité textuelle questionnée.