Les Disciples affirment le Saint-Esprit comme la troisième personne de la Trinité, actif dans la vie de l'église et du croyant. L'Esprit guide la communauté dans la vérité, responsabilise le témoignage et apporte l'unité. Les Disciples ne sont pas pentecôtistes et n'ont pas de tradition de parler en langues ou de dons de guérison, mais ils affirment la présence et l'œuvre continues de l'Esprit.

L'orientation œcuménique de la dénomination signifie que les expressions charismatiques ne sont pas étrangères à certaines congrégations disciples, mais elles ne sont pas normatives. L'Esprit est généralement associé à la guidance dans l'interprétation des Écritures, aux appels à la justice et à l'unité de l'église plutôt qu'aux dons miraculeux dramatiques.