L'Église copte-orthodoxe affirme la lecture traditionnelle johannique selon laquelle « le Verbe était Dieu » (Jean 1,1), confirmant que le Logos éternel possède pleinement la divinité et est coégal avec le Père. Cette interprétation s'aligne avec la théologie alexandrine de Saint Cyrille et de Saint Athanase, qui ont défendu l'homoousios (identité de substance) du Fils avec le Père contre l'hérésie arienne.

La grammaire grecque et la structure théologique du prologue de Jean affirment que le Logos n'est jamais séparé de Dieu et que « Dieu » ne peut se référer qu'à la Divinité transcendante. Le contexte de l'Incarnation qui suit confirme que le Dieu éternel s'est fait chair. La lecture copte rejette fermement les interprétations subordinationnistes ou énergétiques qui affaibliraient la pleine divinité du Fils.