Le congrégationalisme historique affirme le retour du Christ à la fin de l'histoire comme enseigné dans la Déclaration de Savoy (Chapitre XXXII). Jésus-Christ reviendra pour juger les vivants et les morts, et les élus entreront dans la gloire éternelle tandis que les réprouvés subiront une punition éternelle. Cette attente eschatologique était centrale à la piété congrégationaliste et à la prédication du Jour du Jugement.

La théologie contemporaine de l'UCC affirme que le Christ reviendra, mais les théologiens et les congrégations de l'UCC varient largement dans leur compréhension de quand, comment, et dans quel contexte cosmique. Certains maintiennent une eschatologie plus traditionnelle avec un retour literal du Christ et un jugement dernier. D'autres mettent l'accent sur la présence éternelle du Christ en ce moment même — une parousie réalisée ou progressive dans l'histoire. D'autres encore conçoivent le retour du Christ comme la victoire progressive de l'amour et de la justice dans le monde, réalisée par l'action humaine en participation avec l'Esprit. L'autonomie congrégationaliste permet à ces diverses eschatologies de coexister.