Apocalypse 20:1-6 décrit un « mille ans » (millennia) de Christ régnant sur la terre. L'interprétation de ce passage a créé des factions eschatologiques : les chiliasmes (premillennialisme, postmillennialisme) et l'amillénialisme.

Le congrégationalisme historique a embrassé un spectre d'interprétations. Jonathan Edwards, le grand théologien congrégationaliste, a soutenu un postmillennialisme optimiste — la conviction que l'Evangile progresserait globalement, établissant une époque de justice et de paix avant le retour du Christ. D'autres congrégationalistes historiques maintenaient un premillennialisme — que le Christ revient littéralement et établit un règne corporel pendant mille ans. Le congrégationalisme a généralement rejeté un amillénialisme strict qui niait toute spécificité au mille ans.

La théologie contemporaine de l'UCC maintient cette diversité. Certaines congrégations UCC soutiennent un postmillennialisme — l'optimisme que le royaume de Dieu s'établit progressivement par l'action humaine en participation avec l'Esprit. D'autres soutiennent un premillennialisme traditionnel. Certaines congrégations plus libérales adoptent une vision réalisée ou progressiste du royaume — que le mille ans n'est pas un événement futur mais la réalisation présente et progressive du règne de Dieu dans le cœur et dans la société. L'autonomie congrégationaliste signifie que les positions eschatologiques peuvent varier sans créer de schisme.