L'Église du Nazaréen reconnaît deux ordonnances : le baptême et la Sainte-Cène (Communion). Ces ordonnances sont considérées comme des moyens de grâce et des signes sacrés, mais non comme des canaux automatiquement salvifiques de la grâce (comme dans la théologie sacramentelle catholique).

Le Baptême est un acte de confession publique de la foi en Jésus-Christ et une identification avec sa mort et sa résurrection. L'Église du Nazaréen pratique le baptême par immersion ou aspersion, selon les préférences locales, et reconnaît différents modes de baptême. Le baptême n'est pas régénérateur en soi ; il suit la foi professe et témoigne de la repentance et de la conversion.

La Sainte-Cène est un mémorial du sacrifice du Christ et un moyen de communion spirituelle avec lui. Elle n'est pas un sacrifice répété (contrairement à la messe catholique) et ne confère pas une présence physique du corps du Christ (contrairement à l'enseignement de la transsubstantiation). L'Église du Nazaréen affirme une présence spirituelle réelle du Christ qui nourrit spirituellement le croyant qui communie avec foi.

Les deux ordonnances sont des signes visibles de la grâce invisible et renforcent la foi des croyants, mais la grâce sacramentelle fonctionne en conjonction avec la foi personnelle.