L'Église du Nazaréen se situe entre le gouvernement épiscopal (catholique/orthodoxe) et le gouvernement congrégationaliste. Le Manuel nazaréen établit une structure ecclésiale avec évêques, superintendants généraux, conférences régionales, et une conférence générale quadriennale.

Cependant, l'Église du Nazaréen rejette l'infaillibilité ecclésiale ou l'autorité magisterielle d'une quelconque personne ou structure. Les évêques et les pasteurs sont serviteurs et enseignants, non pas des médiateurs infaillibles de la vérité. L'autorité de l'Église repose ultimement sur l'Écriture Sainte et doit être soumise à l'examen à la lumière de la Bible.

Le « connectionnalisme » nazaréen signifie que les églises locales sont unies en une connexion ecclésiale, partageant des croyances communes, une discipline et un gouvernement d'église. Les décisions importantes sont prises en conseil, par le vote, et avec le consentement des communautés locales. Les laïques participent à la gouvernance à travers des conseils élus, des commissions et la conférence générale. Cette structure reflète la conviction wesleyenne que la sagesse collaborative et l'expérience du peuple de Dieu sont précieuses.