L'Église du Nazaréen affirme Matthieu 28:19 comme fondateur de la pratique du baptême chrétien. Le passage rapporte la commission donnée par le Christ ressuscité aux apôtres : « Allez, faites de toutes les nations des disciples, les baptisant au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit ». Cette formule trinitaire est centrale à la théologie du baptême nazaréen.

Le baptême est pratiqué par l'Église du Nazaréen comme un acte de confession publique de la foi en la Trinité — Père, Fils et Saint-Esprit. Le baptisé affirme sa foi en Dieu le Père créateur, en Jésus-Christ le Fils rédempteur, et en le Saint-Esprit le sanctificateur. La formule « au nom » ne signifie pas répéter nécessairement les paroles exactes à chaque baptême, mais plutôt de baptiser en invoquant l'autorité et la présence de la Trinité.

La théologie nazaréenne du baptême s'appuie sur Matthieu 28:19 en tant que fondement scripturaire du baptême chrétien pratiqué dans l'obéissance au Christ ressuscité. Le baptême est un acte public qui unit le croyant à la communauté ecclésiale et témoigne de sa conversion et de sa foi en la Trinité.