L'Église du Nazaréen affirme que le Saint-Esprit est la troisième personne de la Trinité, consubstantiel au Père et au Fils. Le Saint-Esprit est le paraclet (Consolateur) qui conduit, guide et fortifie les croyants dans la vie chrétienne. L'Article de foi déclare que le Saint-Esprit « habite dans le cœur de ceux qui croient » et qu'Il est donné pour produire le fruit de l'Esprit.

Le rôle salvifique du Saint-Esprit est central à la théologie nazaréenne. C'est par la grâce prévenante de l'Esprit que les humains sont amenés à la repentance et à la foi. À la conversion, l'Esprit demeure dans le croyant et produit le témoignage du pardon et de l'adoption. À la sanctification entière — la marque distinctive de la théologie nazaréenne — c'est le Saint-Esprit qui purifie le cœur du péché inhérent et remplit le croyant d'amour parfait.

Le Saint-Esprit opère continuellement à travers les sacrements et l'Église pour l'édification spirituelle. L'Église du Nazaréen reconnaît que le Saint-Esprit opère avec liberté et puissance dans la vie des croyants et de l'Église, produisant les fruits et les dons spirituels.