L'Église de Dieu (Anderson) englobe diverses positions eschatologiques, avec des interprétations prémillénialistes et amillénialistes coexistant dans la communion. Certaines congrégations et dirigeants enseignent un règne littéral de mille ans du Christ suivant son retour visible, tandis que d'autres comprennent les mille ans comme symboliques du règne spirituel du Christ pendant l'âge de l'Église. Cette diversité reflète l'engagement de l'Église de Dieu (Anderson) envers l'unité chrétienne sans imposer une conformité doctrinale rigide sur les questions secondaires.

L'Église de Dieu (Anderson) met l'accent sur le retour du Christ et la résurrection finale des morts, mais la dénomination ne prescrit pas un cadre eschatologique unique. L'emphase du holiness—l'appel à la séparation du monde et à la consécration à Dieu—est plus centrale à l'identité de l'Église de Dieu (Anderson) que la doctrine millénialiste précise. Les croyants sont exhortés à vivre en préparation pour le retour du Christ, que ce retour se produise avant ou après un millénium littéral. La diversité sur ce point démontre la volonté de la dénomination de permettre la flexibilité théologique sur les questions interprétatives tout en maintenant les convictions fondamentales.