L'Église de Dieu (Anderson) pratique le baptême des croyants administré au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit. Le baptême est compris comme une réponse obéissante à la Grande Commission du Christ et comme un acte de confession et d'engagement publics. Bien que l'Église de Dieu (Anderson) ne soit pas dogmatique sur la formule précise utilisée, l'invocation trinitaire est essentielle—le baptême est dans et dans le nom (singulier, grec : onoma) du Dieu qui est Père, Fils et Saint-Esprit.

Le baptême par immersion est la pratique standard dans l'Église de Dieu (Anderson), reflétant le modèle du Nouveau Testament et l'engagement du Mouvement de Restauration au littéralisme biblique. L'acte symbolise la mort au péché, l'ensevelissement avec le Christ et la résurrection à une nouvelle vie (Romains 6:3–4). Pour l'Église de Dieu (Anderson), le baptême n'est pas une œuvre salvatrice en soi mais une ordonnance essentielle qui exprime la foi du croyant et son engagement envers la Seigneurie du Christ. La formule « au nom de » souligne que le baptême est administré sous l'autorité et dans le pouvoir du Dieu Trine.