Les Christadelphes rejettent toute autorité ecclésiastique centralisée ou hiérarchique. Chaque assemblée locale (communauté) de croyants jouit d'une autonomie complète. Les décisions concernant la théologie, la discipline, la vie de communion et l'administration sont prises par l'assemblée locale elle-même. Il n'existe pas de pape, d'évêque ou d'autorité eccésiastique supralocale qui supervise ou dicte à des congrégations individuelles.

Les Christadelphes se réfèrent à cette autonomie comme « ecclésiologie congrégationaliste ». Chaque communauté élit ou reconnaît ses propres anciens ou surveillants pour enseigner, pastorer et conduire — ces rôles ne sont pas des « ordres sacrés » mais des services responsables. L'autorité de ces anciens est limitée à leur propre communauté et ne s'étend pas au-delà. Les décisions d'une assemblée ne lient pas les autres assemblées.

Cette structure ecclésiale est fondée sur la conviction christadelphe que l'Église primitive n'avait pas de hiérarchie centralisée et que les églises chrétiennes devraient être autonomes, chacune jugée selon sa propre fidélité à l'Écriture. Cette autonomie tient beaucoup à la conviction christadelphe plus large qu'il n'y a pas de transmission apostolique ou de succession apostolique — ce qui implicitement rejette la légitimité des autorités ecclésiastiques traditionnelles (catholicisme, orthodoxie, anglicanisme ou autres branches principales).