Les Unitariens bibliques adoptent diverses formes de gouvernance ecclésiale, mais beaucoup mettent l'accent sur l'autorité locale de la congrégation et un leadership d'anciens ou de diacres plutôt qu'une hiérarchie centralisée ou épiscopale. L'Écriture est la norme finale de doctrine et de pratique dans l'église ; aucun leader humain, synode, ou magistère n'est au-dessus de la parole de Dieu écrite.

Beaucoup d'Unitariens bibliques rejettent l'idée d'une succession apostolique formelle ou du rôle unique d'un évêque comme chef de l'église. Plutôt, l'autorité de l'église réside dans la congrégation des croyants guidée par les anciens pieux et avisés. Quelques Unitariens bibliques reflètent des traditions congrégationalistes, tandis que d'autres maintiennent des structures presbytériennes. La conviction partagée est que l'église est le corps du Christ composée des croyants individuels, et que l'autorité dans l'église doit refléter l'enseignement du Nouveau Testament.

Les Unitariens bibliques soulignent aussi que Jésus-Christ seul est la tête de l'église. Aucun humain — pape, patriarche, ou pasteur — ne peut tenir cette position. Cette emphase sur l'autorité du Christ et de l'Écriture, plutôt que sur une institution hiérarchique, reflète la conviction Unitarienne que les chefs religieux n'ont pas le droit d'imposer des doctrines qui dépassent ou contredisent l'enseignement biblique explicite.