Calvary Chapel affirme la doctrine classique de la Trinité : un seul Dieu existant éternellement en trois personnes distinctes — Père, Fils et Saint-Esprit — coégales en puissance et en gloire. Bien que Calvary Chapel n'ait pas de confession formelle officielle, ce dogme trinitaire est enseigné uniformément à travers les églises Calvary Chapel du monde entier.

La théologie trinitaire de Calvary Chapel se reflète dans l'enseignement verset-par-verset de l'Écriture, où les trois personnes de la Godhead sont affirmées comme elles apparaissent dans le texte biblique. Calvary Chapel rejette le modalisme (qui nierait la distinction réelle des personnes) et l'arianisme (qui subordonnerait le Fils ou l'Esprit). La Trinité est confessée comme un mystère révélé dans l'Écriture.