L'Église chrétienne de Sion affirme que Jésus-Christ naquit de la Vierge Marie sans père humain. Marie conçut miraculeusement par la puissance du Saint-Esprit. Cette naissance virginale est un signe de la divinité de Jésus et une indication que Jésus était destiné à être le Sauveur du monde.

Marie est respectée dans la tradition de l'Église chrétienne de Sion comme la mère du Seigneur et comme exemple de foi et d'obéissance. Cependant, l'Église ne maintient pas les doctrines mariales catholiques telles que l'Immaculée Conception ou l'Assomption. Marie n'est pas invoquée en prière ou adorée. Jésus seul est reconnu comme le Seigneur et le médiateur. La naissance virginale de Jésus demeure un affirmation fondamentale de la foi de l'Église.