L'Église Chrétienne de Sion affirme Matthieu 28:19 comme le commandement du Christ de baptiser les croyants « au Nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit ». Le baptême d'eau suivant la formule trinitaire est la pratique standard et l'entrée appropriée dans la communauté de l'ECS.

Le baptême dans l'ECS représente l'engagement public de l'individu envers l'Église et l'acceptation de l'autorité et de l'autorité spirituelle de l'Église. Par le baptême, les croyants sont incorporés dans la communion de l'ECS et ont accès aux bénédictions de guérison, de protection et spirituelles de l'Église. La formule trinitaire affirme la christologie orthodoxe de l'ECS tandis que l'acte du baptême signifie l'entrée dans la relation d'alliance avec la communauté.

La compréhension de Matthieu 28:19 par l'ECS met l'accent à la fois sur l'Église universelle (la mission à toutes les nations) et la communauté locale (incorporation dans la communion de Sion). Le baptême est un rite d'initiation à la fois dans le corps du Christ et dans la communauté spécifique de l'ECS sous sa direction.