L'Église chrétienne de Sion affirme la divinité et la personnalité du Saint-Esprit. Le Saint-Esprit n'est pas une force impersonnelle, mais une personne divine qui habite dans le cœur des croyants, qui les guide, les fortifie et les sanctifie. Le Saint-Esprit fut donné à la Pentecôte et demeure actif dans l'Église contemporaine.

Dans la théologie de l'Église chrétienne de Sion, le Saint-Esprit est source de guidance spirituelle, de puissance pour la victoire morale, de guérison physique et de protection contre les esprits malveillants. L'Église valorise l'expérience directe du Saint-Esprit—à travers les rêves, les visions, l'intuition spirituelle et la guidance intérieure. Cette emphase sur la présence immédiate et protectrice du Saint-Esprit distingue la piété de l'Église chrétienne de Sion et offre aux croyants une confiance concrète en la présence de Dieu.