L'Église néo-apostolique affirme que le service militaire est moralement acceptable et permissible pour les croyants. L'Église n'impose pas d'interdiction religieuse au service des armes ou à la participation à la défense nationale.

Bien que l'Église enseignne les valeurs de paix et de réconciliation, elle reconnaît également que les États civils ont le droit et le devoir de défendre leurs citoyens. Les croyants qui servent dans l'armée ne contreviennent pas à la volonté de Dieu mais peuvent accomplir un devoir civique légitime.

Cette position place l'Église néo-apostolique à l'écart des églises strictement pacifistes comme les Anabaptistes ou les anabaptistes, et l'aligne plutôt avec la théologie de la guerre juste de la tradition chrétienne.