Les Églises indépendantes fondamentalistes affirment deux ordinances ou sacrements : le baptême et la Cène du Seigneur (Sainte Communion). Ces ordinances sont des actes d'obéissance commandés par le Christ et sont importants pour la vie de l'Église, mais elles ne confèrent pas la grâce sacramentelle. Elles ne sont pas des canaux de salut ou des moyens de la justification.

Le baptême, dans le fondamentalisme, est exclusivement le baptême du croyant — l'immersion (ou parfois l'aspersion) d'une personne qui a professé le Christ comme Sauveur. Le baptême des enfants ou des non-croyants n'est pas pratiqué. Le baptême est une confession externe de la foi interne au Christ. C'est un acte d'obéissance qui suit la salvation, pas un acte qui procure la salvation. Le baptême n'a pas de pouvoir régénérateur en lui-même ; seule la foi en Christ régénère.

La Cène du Seigneur est observée comme un mémorial de la mort et de la résurrection du Christ. Le pain et le vin sont des symboles, pas des transformations en corps et sang du Christ (la transsubstantiation est rejetée). La Cène est une célébration de la communion fraternelle entre les croyants et une affirmation de leur allégeance commune à Christ. Généralement, seuls les croyants baptisés et les membres de l'Église locale sont admis à la table du Seigneur, reflétant une position de communion fermée.