Les Églises indépendantes fondamentalistes affirment que la Grande Commission en Matthieu 28:19 — « baptisez-les au nom du Père, du Fils et du Saint-Esprit » — prescrit la formule trinitaire pour tous les baptêmes chrétiens. C'est l'ordre du Christ ressuscité et demeure en vigueur pour l'Église jusqu'à la fin des temps.

Bien que les Actes enregistrent parfois un baptême « au nom de Jésus-Christ », le fondamentalisme comprend cela comme un raccourci particulier à un certain contexte historique, non comme une alternative valide à la formule trinitaire. La formule trinitaire de Matthieu 28:19 est le standard qui doit être suivi.

La formule trinitaire est important parce qu'elle affirme la divinité entière — le Père, le Fils et le Saint-Esprit. Elle souligne que le croyant baptisé s'identifie avec la foi complète en le Dieu trinitaire. Un baptême correctement administré doit utiliser cette formule. C'est un acte du culte qui respecte pleinement la révélation de Dieu dans les trois personnes de la Trinité.