Les Églises indépendantes fondamentalistes affirment le Saint-Esprit comme la troisième personne de la Trinité, pleinement divin et coégal. Le Saint-Esprit est personnellement actif dans le monde et dans l'Église, convainquant le monde du péché, de la justice et du jugement. À la conversion, le Saint-Esprit habite le croyant, le scelle pour le jour de la rédemption, et le donne l'assurance du salut.

Le baptême du Saint-Esprit — au sens biblique — se produit à la conversion, incorporant le croyant au corps du Christ, l'Église. Cette doctrine diffère des croyances charismatiques ultérieures selon lesquelles le baptême de l'Esprit serait une expérience post-salut distincte. Le fondamentalisme ancien affirme que tout croyant est baptisé par l'Esprit à la conversion ; il n'y a pas de second baptême.

Le fondamentalisme est cessationniste — il affirme que les dons miraculeux du Saint-Esprit (guérison, prophétie, parler en langue) ont cessé à la fin de l'âge apostolique. Ces dons ont servi de signes pour authentifier le message apostolique ; quand les apôtres sont morts et que le Nouveau Testament a été complété, les dons ont cessé. Le Saint-Esprit travaille aujourd'hui par l'illumination des Écritures, la transformation personnelle, et la guidance spirituelle, non par les miracles.