Iglesia ni Cristo affirme un monothéisme strict: il n'existe qu'un seul vrai Dieu, le Père Tout-Puissant. Aucune entité supplémentaire ne partage la divinité avec le Père; il n'y a pas de Trinité ni de coégalité des personnes divines.

Dieu le Père est présenté comme l'être suprême et transcendant, créateur de toutes choses. La révélation de Dieu dans l'Ancien Testament identifie YHWH (le Seigneur) comme ce Dieu unique. L'INC considère que la doctrine des trois personnes en un Dieu est une déviation du monothéisme biblique authentique.

Cette conception du Dieu unique structure toute la théologie de l'INC. Elle implique aussi que Jésus-Christ, bien qu'une figure centrale du salut et d'autorité, n'est pas littéralement Dieu mais le Fils créé du Père, et que le Saint-Esprit n'est pas une personne divine distincte mais plutôt la puissance ou l'influence du Père.