Iglesia ni Cristo enseigne que le Saint-Esprit n'est pas une personne divine distincte avec une subsistence propre. Le Saint-Esprit est plutôt la puissance, l'influence, et le don du Père Dieu accordés aux croyants fidèles.

Le Saint-Esprit fonctionne comme un instrument d'empowerment spirituel et de direction divine. Les croyants reçoivent le Saint-Esprit après leur baptême dans l'INC, ce qui les habilite à vivre la vie chrétienne et à accomplir les œuvres de Dieu. Cette conception rejette le personnalisme du Saint-Esprit de la tradition trinitaire.

Cette position est liée au rejet plus large de la Trinité. Puisque le Père seul est Dieu, le Saint-Esprit ne peut pas être une seconde ou troisième personne divine. Il fonctionnne plutôt comme l'énergie active ou la présence opérationnelle de Dieu Père agissant dans le monde et dans les cœurs des croyants.