1 Jean 5:7-8, particulièrement la phrase connue sous le nom de « Comma Johanneum », contient l'affirmation : « Car il y en a trois qui témoignent dans le ciel : le Père, la Parole et le Saint-Esprit ; et ces trois ne sont qu'un. » Cette phrase a été importante dans l'histoire défense de la doctrine de la Trinité.

Cependant, les critiques textuels reconnaissent largement que cette phrase (ou du moins une grande partie) n'apparaît pas dans les manuscrits grecs les plus anciens de 1 Jean, mais a été ajoutée ultérieurement, probablement au Moyen-Âge. Elle apparaît d'abord dans les traductions latines et later dans le Texte Reçu grec sur lequel la traduction du Roi Jacques était basée.

L'EFCA affirme que la doctrine de la Trinité est scripturaire et soutenue par de nombreux autres passages bibliques (Matthieu 28:19, 2 Corinthiens 13:14, etc.), même si le Comma Johanneum n'était pas originalement part de 1 Jean. L'EFCA enseigne que les vérités trinitaires communiquées par ce verset sont vraies et bibliques, mais que ce passage particulier est un cas de transmission textuelle où un passage non-original a été incorporé. C'est un exemple de comment l'EFCA navigue entre l'inerrance des autographes originaux et la reconnaissance des questions textuelles historiques.